「重要分享」小果教你如何使用Blast轻松批量比较蛋白质和核酸。

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碰到序列的朋友基本上都会有一个比较的题，为了比较，基本都是需要进行爆破的，但是网页版和本地版通常都需要进行单次比较。Enter对于Linux系统，使用命令行操作。今天小果就教大家如何使用命令行进行爆炸性比较。

要执行比较，必须首先创建索引。创建索引的方法如下

makeblastdb-inscriptfa-input_typefasta-dbtypenucl-parse_seqids-outscriptfa

makeblastdb是用于构建所有内容的工具。-in参数后必须跟输入文件，-out参数后必须跟输出文件。这里的输入和输出文件可以是相同的。它是fasta格式。-dbtypenucl表示设置核酸序列的索引。要设置蛋白质序列的索引，必须将nucl替换为prot。小果整个下午都忘记换了。他意识到了。可能是致命的。

运行后你会看到如下界面

创建索引后，会出现几个文件。

构建蛋白质索引时，索引文件后缀中的第一个n将为p。

如果要比较的话，只需要使用一条命令即可。

要比较蛋白质，需要使用blastp，检查是否有蛋白质指数。

比对的结果是输出文件，在本例中为RALF_seqblast。对于结果，主要查看前三列。第一列是目标序列，第二列是与转录本或蛋白质序列文件比对的序列ID。为排序分数；分数越高，比较结果越好。

好的，这就是今天的主要内容。如果有疑请与小果分享讨论【送你的心】。

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一、ncbi如何比对两个序列？

以下是在NCBI中比较两个序列的方法

1-首先，访NCBI的BLAST网站。

2-从“选择搜索类型”下拉菜单中选择“匹配”，然后选择您要使用的匹配工具。要比较两个序列，您可以选择“局部比对器”或“多重序列比对”。

3-在“输入数据”部分中，单击“选择”按钮，然后选择本地计算机上要比较的两个序列文件。确保文件格式正确。

4-如有需要，您还可以在“参数设置”部分调整比较参数。这些参数包括预期的比对长度、比对算法、序列长度等。

5-在“输出设置”部分中，选择输出文件格式和输出文件位置。

6-单击“提交”按钮开始比较过程。排序结果在选定的输出文件中生成。

注意BLAST是一项在线服务，需要稳定的互联网连接。此外，根据序列长度以及计算机和网络速度，比对过程可能需要一些时间。

Blast程序默认执行两种对齐方法本地对齐和远程对齐，因此Blast对齐序列有两种结果。

本地比对将查询序列与本地数据库中的序列进行比较。这适合小序列比对，而远程比对将查询序列上传到NCBI服务器进行比对，适合大序列比对。因此，Blast程序产生两个结果，对应于两种比较方法的结果。用户可以根据需要选择其中一种分析结果。